就在《苏报》发表《驳康》书节录的那天，上海道和工部局勾结好了，工部局巡捕和警探到苏报馆捉人。第二天，又闯入爱国学社，指名要捉蔡元培、章太炎、邹容等人。蔡事前闻讯，已避地青岛，余人均逃散，独章太炎不肯逃，说革命就要流血，怕什么，清朝政府要捉我如今已经是第七次了。

巡捕和警察来到门口，章迎上去，指着自己的鼻子说：“余人都不在，要拿章炳麟，就是我!”他便被扣上手铐，捉进巡捕房。邹容得章太炎自捕房来信，不愿让章独自受苦，自动投案。这就是震动全国的“苏报案”。

章、邹被囚禁后，清朝政府的代表袁树勋、俞明震等向工部局和各国领事多方活动，请求引渡，想将章、邹押解南京，加以杀害。由于帝国主义者要维护他们统治租界的绝对权威，不答应引渡。清政府便延请律师，向租界的会审公廨控告章太炎和邹容。

7月15日，会审公廨组织额外公堂，对章、邹进行公开审讯。在租界的公堂上，清政府作为原告，章太炎、邹容作为被告，闹出了国家政府与本国打官司的怪事。

官司打了十个月，最后判处章太炎监禁三年，邹容监禁二年，监禁期满逐出租界。

在狱中，章太炎被罚做苦工，因眼睛近视，动作缓慢，常遭狱卒拳打脚踢，甚至用锤子捶他的胸部。章毫不示弱，以拳对打，或夺其锤，并曾绝食七天以示。他常与邹容吟诗唱和，互相砥砺。他别无书看，只得晨夜研诵佛经，把哲理引进了他的思想体系。章太炎仍然十分关心铁窗外面的斗争。一次蔡元培来探监，他们研究并决定组织革命团体。

1904年冬，光复会成立，章是发起人之一。1905年4月，邹容病逝狱中，章太炎手抚其尸，口张目视，哀恸不能出声。

1906年6月29日，章太炎刑满出狱，同盟会特地从东京派人来沪迎接，当晚便乘船东渡日本，这是章太炎第三次来到日本，到达东京时，受到留日学生的热烈欢迎。

1911年10月，武昌起义爆发，章太炎于当年11月18日返回。回国后，曾鼓吹“革命军兴，革命党消”，要求解散同盟会，并从事组织中华联合会的活动。次年1月，中华联合会在上海成立章任会长，出版《大共和日报》，章为社长。任临时大总统后，函聘章太炎为总统府枢密顾问。3月，中华联合会改为统一党，章为理事。1月14日，光复会领袖陶成章在上海被陈其美指使派人，因光复会与有隙，章太炎以为系孙所为，所以，孙要他做顾问，他只是挂个名而已。

章太炎认为，清朝被以后，应当由一个有能力有实力的式的人物来统治。他遍察政治舞台，选中了袁世凯，倒向了他，统一党也成了袁的工具。与袁世凯在建都问题上发生争执，章太炎以统一党领袖的身份，通电拥护建都北京的主张。他自己也赶到北京，在北京设立了统一党党部。在这几个月中，章太炎发表的许多言论，大都不利于革命，而有利于立宪派官僚，好事者为之辑印成册，题曰《太炎最近文录》。

袁世凯当了总统，委任章太炎为总统府高等顾问。章起初对袁充满希望，相处不久，慢慢察觉袁不能容人，始萌去意。

1913年3月20日，宋教仁被于上海，袁世凯野心家的面目彻底暴露。章太炎闻讯，匆匆离开东北，托事南行，找昔日的老朋友商量对付袁世凯的办法。他觉得对付袁这样手握重兵、爪牙遍布的军阀，须有实力，这一次他看中了黎元洪。恰巧黎此时有事召章，章遂前往武汉与黎商量。黎虽身为副总统，又握有一点，但他害怕宋教仁的下场降临到自己头上，不敢惹袁。章无可奈何，又来到北京。

7月，南方革命党人发动讨袁的“二次革命”，很快就被袁世凯下去，袁的气焰更加嚣张。8月，袁要共和党党部急电黎元洪、章太炎来京议事。共和党是原统一党与民社党等合并而成的，黎元洪是理事长，章太炎副之。章太炎冒危入京，准备与袁斗争。他一到北京，住进共和党党部，就被袁世凯软禁。

软禁期间，章太炎拒绝袁世凯的收买，几次逃跑都没有成功。1916年6月6日，袁世凯在唾骂中死去，章太炎得到释放，25日离京，7月1日抵沪。

袁死后，他的党羽秉政，互相争夺。为了寻找反对北洋军阀的力量，章太炎奔波于南方军阀之间，一度到南洋群岛活动，想在华侨中寻找力量。1917年，段祺瑞怂恿张勋拥清帝复辟，赶走黎元洪，解散国会，然后以“反复辟”名义赶走张勋，以再造者自居，把制订的《临时约法》完全废弃，继续军阀的统治。

9月，在广州成立军政府，自任大元帅，章太炎被委任为军政府秘书长。章往来于、广州、云南、贵州等地，想争取军阀支持。后见军内部钩心斗角，矛盾重重，遂丧失信心，一路观山玩景，出云南，经四川，过湖北，沿长江东下，已有“见说兴亡事，拿舟望五湖”之慨，于1918年10月到达上海。

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