12月初，章太炎也因遭受通缉，应日本友人之召，避地，任《台北日报》记者。次年春天，他着手把自己的政论以及关于经学、史学、哲学、文学、音韵等方面的论著，辑订为《馗书》。夏天，来到日本，寄寓梁启超在横滨所设立的《清议报》馆。经梁启超介绍，他认识了。9月返回上海，参加《亚东日报》编务。是年冬，《馗书》木刻本付梓。

1900年，义和团运动爆发，八国联军入侵，清政府的帝国主义走狗面目暴露无遗。本来，戊戌变法的失败，已激起章太炎对改良主义道路的深深怀疑，而义和团群众的反帝斗争和清政府的残民媚外，更促使了他的觉醒。

是年7月，康有为的、谭嗣同的同学唐才常，秉承老师的意图，在上海发起“张园国会”，创设自立会，组织自立军。到会者有容闳、严复、章太炎等八十余人，推举容闳为会长，严复为副会长，唐自任总干事。

会布的宗旨是：

一、保全自，创造新自立军；二、决定不承认清朝政府有统治之权；三、请光绪皇帝复辟。对于会议宗旨，章太炎坚决反对，认为“不当一面排满，一面勤王，既不承认满清政府，又称拥护光绪皇帝，实属大相矛盾，决无成事之理”。

为表示反清的革命决心，他当场“宣言脱社，割辫与绝”，脱下国服，换上西装，后来还写了《解辫发》一文以明志。断发易服，标志着章太炎与改良主义决裂，从此踏上了资产阶级革命的征途。

8月，唐才常等人在长江流域组织的自立军起义失败，唐被捕杀。

章太炎尽管宣言脱离自立会，仍然逃不了黑名单的指名追捕，他只好悄悄地回浙江老家度岁。就在春节那天，他听说捕卒跟踪而至，便躲进一所和尚寺里，十天以后，估计无事，复出上海。这时，他辫发已剪，出入很不方便。恰值美国教会在苏州设立的东吴大学需求教员，经朋友推荐，得赴苏州任教。章太炎曾回“诂经精舍”看望老师俞樾。谁知俞一见到他，就很不高兴，疾言厉色地呵斥，说他从事革命是“不忠不孝，非人类也”，要鸣鼓而攻之。章太炎对老师一向很尊敬，这次却难以忍受，当即反唇相讥，并写了《谢本师》，声明与俞樾绝断师生之谊。

章太炎少小时就说过“明亡于满清，不如亡于李自成”那样惊世骇俗的话，在苏州又以《李自成、胡林翼论》为学生命题作文，闻者怪异，被官府发觉，再次下令缉拿。1902年春，他再次逃亡日本，寄住东京的留日学生宿舍，删润译稿，勉强度日。他与住在横滨的经常来往。借用会党内部结盟仪式，在中和堂设宴奏乐，与章正式订交。

孙、章一起谈了许多问题，包括的土地、赋税及革命成功后的政制和建都等问题，章颇受鼓舞。农历三月十九日，是崇祯皇帝忌日，为了借此宣传反对清朝的民族革命思想，章太炎和革命党人秦力山等人，在的支持下，在东京发起“亡国二百四十二年纪念会”，章手撰大会宣言，号召留日学生“雪涕来会，以志亡国”，努力奋斗，清朝。留学生报名赴会者数百人，学界为之震动。清公使蔡钧闻讯，极为恐慌，亲访日本外务省，要求解散此会。日政府徇其请，开会前一日，警察署传讯章太炎等大会发起人。

警长问章为清国何省人，章答，“余等皆人，非清国人”；问属何阶级，答日“遗民”。尽管章等据理力争，大会仍被禁止。预定开会之日，许多赴会者被驱散。章等只得约集一部分人，以聚餐为名，举行了纪念会的仪式，给的革命派机关报《日报》发了一条消息。

章太炎在日本旅居三个月，返回上海，旋归乡里，重订《尨书》。是年秋，蔡元培在上海的租界里创设“爱国学社”，招章太炎任教。章又于1903年春来到上海。

“爱国学社”是一所为资产阶级革命播种的新型学校。它除了讲授一些基础课外，每周有一次讲演会，讲演会的主讲人大都是倡导或倾向革命的知识分子，太炎也常到会慷慨陈词。这些讲演稿多在《苏报》上发表，引起了社会的广泛注意。

章太炎到爱国学社后，青年革命家邹容也来到这里。邹久慕章的大名，相见恨晚。章也很喜欢这位英姿勃发的青年，不久二人结为兄弟。章大邹十八岁，互以大哥小弟相称。邹写了题为《革命军》的小册子，章太炎看了以后，认为要唤醒民众的觉醒，就需要这样的“雷霆之声”，亲为作序，称之为“义师先声”。《革命军》问世后，《苏报》又发表多篇介绍文章。这样，《革命军》不胫而走，风行国内外。

《驳康有为论革命书》、《革命军》击中了清朝统治者的要害，引起了他们的恐慌和仇视。两江总督魏光焘以“四川邹容所作《革命军》一书，章炳麟为之序，尤肆无忌惮”，又以《驳康有为论革命书》中的“犯上”字句为口实，命令上海道袁树勋查封爱国学社和苏报馆，密拿有关人员还特派南京候补道俞明震赶往上海，协同办理。

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